Intel PACの動作を波形レベルでデバッグしたい場合、mmlinkを使ってデバッグすることができます。新しくstpファイルを作成する場合、Intel PACにSignal Tapを仕込むの手順でデバッグ可能なFPGA用ビットファイルを作ることができます。

ですが、stpファイルと設定済のafu_synth_setup向けファイルが存在している場合に、

$ afu_synth_setup --source hw/rtl/filelist.txt  build_synth
$ cd build_synth/
$ ${OPAE_PLATFORM_ROOT}/bin/run.sh

とゼロからビルドすると、うまくデバッグ可能なFPGA用ビットファイルを生成することができませんでした。毎回stpファイルをSignal Tap Logic Analyzerで作成しデザインに組み込むのは面倒なので、回避策が欲しいところ。というわけで、以下が回避方法です。

Intel PACはmmlinkを使って、あたかも実機とJTAGと接続しているようにSignal Tapで信号の変化を観察してデバッグできます。
Accelerator Functional Unit Developer’s Guide for Intel(R) FPGA Programmable Acceleration Cardの6. AFU In-System Debugを見ながら作業すればよい、のですが、環境によるパラメタの設定が若干わかりづらかったので、hello_afuにSignal Tapを仕込む場合の実例を紹介します。
信号見えるまでは、何が悪いのか分からず不安ですから…